Política Exterior
Los Países Bajos
Los Países Bajos, a pesar de sus vínculos económicos con Castilla, presentaban un foco de tensión. La nobleza católica se quejaba de la presencia de los tercios y de la prepotencia del cardenal Granvela, consejero de la gobernadora Margarita de Parma, mientras la burguesía del norte apoyaba el protestantismo. Felipe II hizo concesiones políticas, pero se mostró inflexible en el terreno religioso. A las violencias protestantes de 1566, el rey replicó enviando al duque de Alba como nuevo gobernador al mando de un poderoso ejército. La durísima represión, a través del Tribunal de los Tumultos, no resolvió la situación y se inició así una guerra interminable contra los rebeldes protestantes.
El Enfrentamiento con Francia
Apenas iniciado su reinado, Felipe II tuvo que enfrentarse a Enrique II de Francia. Contando con la alianza inglesa, las tropas de Felipe II vencieron en San Quintín (1557) y en Gravelinas (1558). La paz de Cateau-Cambrésis (1559), por la que Francia renunciaba a toda pretensión sobre Italia, consolidó la hegemonía española en Europa durante un siglo.
El Imperio Otomano
En el Mediterráneo se había acentuado la presión turco-berberisca pero, retenido por otros graves problemas, Felipe II tardó en retomar la iniciativa. El ataque turco en 1570 a Chipre, que era posesión veneciana, precipitó la formación de una alianza entre España, Venecia y el Papa. La flota de la Santa Liga, mandada por Juan de Austria, venció a la turca en la batalla de Lepanto en 1571. Esta victoria no produjo el quebranto definitivo del poderío turco en el Mediterráneo debido a la rápida disolución de la Liga en 1573.
La Unión con Portugal
El rey don Sebastián de Portugal murió sin sucesión y Felipe II hizo valer sus derechos familiares, incorporando este reino a sus Estados en 1580. Las cortes portuguesas le reconocieron como rey bajo la fórmula habitual de respetar las leyes e instituciones del reino. Con la unión, Felipe II pasó a gobernar un extensísimo imperio al tiempo que consiguió reforzar su poderío naval.
La Rebelión Flamenca
La rebelión flamenca contra Felipe II, que era apoyada por Inglaterra y por los protestantes alemanes, se había iniciado en 1566. En 1578 fue nombrado gobernador de los Países Bajos Alejandro Farnesio, quien, apoyándose en los católicos del sur (la actual Bélgica), había realizado progresos en el sometimiento militar de los protestantes del norte. Pero Felipe II le ordenó concentrarse en una empresa aún más ambiciosa: la invasión de Inglaterra.
Isabel I de Inglaterra y la Armada Invencible
Isabel I de Inglaterra, que había restaurado el anglicanismo, inició una política de oposición al rey español. Felipe II envió en 1588 una potente flota que debería recoger en Dunkerque al ejército de Farnesio y desembarcarlo en Inglaterra. La operación pretendía el destronamiento de la reina y la restauración del catolicismo, pero la flota, dispersada por las naves inglesas en el canal de la Mancha, no pudo realizar el embarque y fue destruida por los temporales en el viaje de vuelta. Este evento es conocido como el desastre de la Armada Invencible.
En los años siguientes, Felipe II empleó todo su poder en decidir la guerra interna de religión en Francia a favor de los católicos frente al pretendiente calvinista al trono, Enrique IV. La intervención fracasó por la conversión de Enrique IV al catolicismo.
Política Interior
Sublevación en las Alpujarras
En el antiguo reino de Granada existía un foco de subversión morisca dirigida por un cabecilla llamado Omar Ibn Hafsun. Felipe II mandó un ejército a las Alpujarras granadinas y sofocó a los sublevados, expulsándolos del reino.
El Caso del Príncipe Carlos
El príncipe Carlos, hijo legítimo del rey Felipe II, era el fruto de una terrible consanguinidad del rey con una de sus primas hermanas. Fruto de ello fue el príncipe Carlos, un hombre demente, malvado y esquizofrénico que le hizo la vida imposible al monarca, ya no solo por sus excentricidades, sino porque actuaba como agente secreto de los enemigos de su padre: Inglaterra y los Países Bajos. Felipe II, como padre, quiso atraérselo, pero le fue imposible, ya que su demencia iba cada vez a más y a peor, teniéndolo que recluir al final en la cárcel. Allí, cogió una terrible humedad y falleció en plena juventud.
Muerte de Escobedo, Secretario de Don Juan de Austria
Antonio Pérez culpó al rey (Felipe II) de la muerte de Escobedo, el secretario de su hermano. Esto hizo que los agentes políticos del rey intervinieran directamente en el asunto y fueran a apresar a Antonio Pérez.
El Caso de Antonio Pérez
Antonio Pérez, secretario del rey Felipe II, lo involucró en el asesinato de Escobedo. Alegando persecución real, solicitó protección de la justicia de Aragón, Don Juan Lanuza. Felipe II lo acusó de hereje, pero, acogiéndose a la protección de los fueros aragoneses, se escapó. El rey tuvo que enviar un ejército a Zaragoza, siendo ajusticiado Lanuza. Felipe II introdujo recortes en los fueros aragoneses.
La Princesa de Éboli
Mujer bella y enigmática, traidora y cómplice, sirvió de agente secreto junto a su amante Antonio Pérez, pero los agentes del rey descubrieron la trama de que eran espías de Inglaterra y de los Países Bajos, y apresaron en secreto y en sus aposentos a la princesa de Éboli, que fue recluida de por vida en el convento de las Carmelitas de Clausura en Pastrana (Guadalajara).